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2004年02月29日

昨日の*3の続き。

ここで想定しているのはNature '88 Lehky and Sejnowskiだ。<コメントアウト。ニューラルネットワークの機能の一意性について。>

私信とか。

アンカー付けてくれてどうもありがとう。手間かけました。
あと、身に余る言葉に恐縮です。て硬派かよ―俺(口調変わってるし)。丁寧ではないな。なんにしろ、性格は違うな。分野もいい塩梅にずれてるし、切磋琢磨できるような関係であれたらいいなと思ってます。(きれいにまとめすぎか。)
で、ガヤがすごいやつであることはいまさら私が言うことでもないが、ちゃんと言っておく。すげーやつです。昔から時間きっちり無駄なく生産性の高い仕事をしていたがそれだけではない。非常に見通しがよく効いてて、何をやればよいかいつもよくわかっていた。あきらめが早いんじゃなくて、見通しをつけるのがすごく早かったんだと思う。この点は本当に突出してた。今回のScienceはほとんど遅すぎるくらいだったと思う。
ところでこの一週間、さすがにちょっと絡みすぎというかはしゃぎすぎだった。俺がはしゃいでどうする、という感じではあるが。徐々に戻していきます。


2004年02月28日

ガヤ日記2/25の「分類すること」

ガヤ日記2/25の「分類すること」についてだけど、これは12/19コメント欄および12/20の日記あたりにdecodingの話をしたときと書いたことなのでつなげてみる。パターン識別の本を読んでいると「醜いアヒルの仔定理」というのがある(「認識とパタン」以外にもネットでいろいろ探したことがあるのだが、これのステイタスがどのくらいのものか私は知らない。それは別としていかにも濫用されやすそうな概念だと思う。)。これの帰結は分類には論理的に最適なものはなくて、どのカテゴリー分けに重きをおくか(たとえば、背骨があるかどうかと水中に棲んでいるかどうか。)という評価関数によらなければならない、ということだ。2/23のガヤのコメントでアルゴリズムを探し中と言ってたからきっと「No free lunch theorem」のほうもご存知だと思う。Pragmaticにはどのくらいインパクトがあるのか私にはわからないが。
というわけでこれが関係しているかどうかは別として、前にも言ったように、われわれが外から脳の神経活動をdecodeするときにも何らかの重み付けをすることがたぶん不可欠なんだろう。ただし、このことはdecodeの不可能性を意味しない。<コメントアウト。>ちょっとぱっとはわからないのだけれど、入力と出力が一対一で対応するようなネットワークを作ったときに、中間層への入力の重みだけを見てideal observerがすべての入力情報をdecodeすることは必ず可能なのだろうか?
<コメントアウト。>

私信とか。

さらに。なんか交換日記と化しているが。これはオタクをカミングアウトしているのだろうか? べつにそのぐらい書いてもいいんだけど、そこまでにしとこうよ、お互いのため(ギャー)。あれからほぼ十年。なつかしいなあ。新宿で飲んでから二人で交代で自転車乗ったり走ったりしながら本郷まで行ったのを思い出した。深夜の車どおりの少ない飯田橋の交差点の高速道路の下を走り抜けて。
あと、2ちゃんねるについては何も言うまい、ということは前に伝えた通り。それを守るつもり。追記:いやこれだけちゃんとはっきりさせとく。たまに読んでるけど書きこんだことありません。
(P.S. 超私信:<A name="040225">みたいなアンカーを入れておくと日ごとの記述をreferしたりされたりするときに便利なのでお勧め。)

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# ガヤ

いろいろコメントありがとう。まずは取り急ぎ、脳裏に浮かんだ顔はもちろんpooneilさんではないのでそれを伝えたくて。』

# pooneil

コメントサンクス。ガヤの元「身近な関係者」でしかもwebで活動している私としては、読者に「容疑」を晴らしといたほうがよいかと思ったもんで書いてみた。ガヤにというのではなく。それ以上の他意はないので。

# pooneil

あ、ひとつまちがいみっけ。同級生じゃなくて同級生2だよ(<-もうヤメレ)。


2004年02月27日

Nauture Neuroscience

"Fast and slow parietal pathways mediate spatial attention."
Jason B Mattingley @ University of Melbourne。
これかなあ。
Mattingleyは基本的にはneurologistで、オーストラリアにいるときから頭頂葉の障害による半側空間無視のある患者についていろいろ調べてきた。(もっと詳しい人が読んでるので間違ってたら補足よろしくおねがいします。)それからUniversity of Cambridgeに行って、University College LondonのJON DRIVER*1といっしょに引き続き半側空間無視関連の論文を書いた。そのときの代表作が

だ。でそれからまたオーストラリアに戻ってふたたびJOHN L. BRADSHAWと今度は共感覚の論文を書いている。
で、今度の論文はふたたび頭頂葉なのだが、それはまた今度(力尽きた)。


*1:ていうか今はじめてJohnではなくてJonであることに気付いた。どこの国の人なんだろう。

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# NHK

初めてつっこませていただきます。このMattingley論文はセンスよいですね。Pascual-Leone&Walsh, science(2001)を思い出します。

# pooneil

ようこそ。面白い論文ですよね。TMSって刺激位置の精度はそんなにないだろうから、時間の方の精度で議論できるように持っていかないわけで、その点でこの論文はうまいことポジティブな結果を出したと思う。Pascual-Leone & Walshの時間の刺激のタイミングの議論(20ms)が大事だったと思うし、このあいだのBlakemoreの論文もそう(50ms)だし。ほかにうまい切り口というか活用の仕方はないもんでしょうかね。


2004年02月26日

PLoS biology

PLoS biologyはNatureに紹介記事があったときに探してNicolelisの論文が載っているのを見たかぎりでまったくチェックしてなかった。オンラインバージョンは無料でオープンアクセス、紙のバージョンは有料。High quality journalを目指すということだったと思うが、どのようになるだろうか。Nicolelis以外で今まで見つけたシステムニューロサイエンス的な論文は以下の通り。三人ともNatureやScienceを複数出している有名人。はたしてそういう有名人が重要なネタを用意してきたかどうか、というのがこの雑誌の行方を占うであろう……とまで言っておいてタイトルを並べるだけかよ!並べるだけです。たぶん続く。Shadmehrはシンポジウムに来るのでそこで勉強。


2004年02月25日

先週のScience

先週のScienceはfMRIが三つもある。ちょっとやりすぎ。前よりはずいぶん少なくなってるような気がするが、まだまだいけるらしい。すべてにコメントつける気もないが、Chris D. Frithはまたらしい感じ(empathy)をpainと絡めて採り上げているようだ。それから、

Science

"Attention to Intention."
Richard E. Passingham @ University of Oxford と Patrick Haggard @ University College London。
またもHaggardが出てきて、回る時計の針を見て時間を報告させるタスクをやっている。Motor intentionの時間(ボタンを押そうとした時間)と実際のmotor actionの時間(実際にボタンを押し出した時間)とをそれぞれ報告したときとを比べている。12/31に採り上げたSiriguの論文と同じパラダイム。ただ、今回はmotor intentionにattentionがかけられているときと実際の運動の実行へattentionがかけられるときとを比べることで(実際にしている運動などの条件はそろっている)attentionがintentionに向けられているときにpreSMAがより活動することを見出している。せっかくこういうパラダイムにするならmotor actionへattentionを向けているときはどこがより活動するのか見つけて、二つの条件でのdouble dissociationを出すのが筋なのではないだろうか。たぶんそういうところはないんだろうが。

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# Correggio

こんにちは.ご無沙汰しています.今度,岡崎でお会いできるのが楽しみです.やっぱり,Siriguの論文は,intentionへのattentionがかからないって話しなんですね.内部モデルと結びつけるのは,どうなんでしょうかねえ.彼女の考え方はとっても面白いんですけど.ところで,Correggioの絵は大好きです.ParmaのDuomoのだまし絵みたいな3Dの天井画がとってもすばらしい.では

# pooneil

ご無沙汰しております。メールの返事しないままでしたがお会いできるのを楽しみにしております。アブスト読みました。ポスターは三日間貼りっぱなしなので、充分お話できる機会が見つけられるかと思います。問題は私がどのくらい勉強できるかでして。
で、なるほど、Siriguの方をそういうふうに読み直すことができるわけですね。Time perceptionの話はやはりかなりややこしいなあと思います。そうやってみると、ShadlenのNeuron ’03なんかもattentionとdicisionで読めないところがどのくらいあるか精読する必要があるのかもしれません。(まだ読んでませんが。)
これですね。3Dの天井画。http://www2t.biglobe.ne.jp/~provence/italia/visit/visit01/parma.html これを見たときAIPはどう活動するんでしょう。

# Correggio

写真ではわかりづらいですが,本物はもっとすごい。4隅に柱の飾りなど本物かと思っていたら,てっぺんは絵でした。AIPはともかく,CIPは元気でしょう。両眼視差でない立体の手がかりにもよく反応しますから。

# pooneil

うわっ、さっそく付け焼刃なのがばれてしまいました(AIPとCIP)。


2004年02月24日

"Neural prosthetics"またはNeuroprosthetic

という言葉自体は前からあるみたい。Pubmed見るかぎりだと。同じ使い方してるかどうかはわからないかど。

cnn.co.jp ジッパーの「悲劇」

cnn.co.jp ジッパーの「悲劇」
なんだこりゃ。私はジッパーの「悲劇」は小学生のときに経験した。自力で脱出した。ウッドフロアで転んだことはないが、このあいだラーメン作るためになべにお湯を入れて歩いてたらすっ転んで廊下を水浸しにした。ズボンを履く時にバランスを崩して倒れ、病院で手当てを受けたことはない。むかし膝を捻挫して以来、ちょっとした膝のネジレですっ転ぶことはある。だめじゃん。

「論文など人の仕事を評価する時の姿勢」

「論文など人の仕事を評価する時の姿勢」
なるほど。私は2から3へ行こうとしているつもり。4は悟りの領域だなあ。論文とか読まなくてもよくなりそう。そうだ、レベル5と0に「まったく読まない」っていうのを入れてみるのはどうだろう。まったく同じように見えてぜんぜん違うの。レベル0はたんなる不勉強だが、レベル5はもはや論文を超越してしまって森羅万象を感じるだけで科学になってしまう(電波キター)。なんか修行の道っぽくなってきた。

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# Gould

引用有り難うございます。レベル0と5の話はウィットに飛んで面白いですね。改訂版に付け加えます。


2004年02月23日

Science

"Differential Representation of Perception and Action in the Frontal Cortex."
たとえば、Schwartzの論文と蔵田先生の論文との関係が前に取りざたされていたけれど、Schwartzという人のヒストリーを見ると結局この人はmotor cortexの人であって、Georgopoulosのところから出てきて、独立してから螺旋とかを手の平で書いているときのM1の活動のpopulation vector表現をしてScienceに出したりしている。そうなると今回のScienceの主眼はやはりpopulation vectorによって楕円を表示させるところだと思うし、3DVRシステムを作ってneural prosthetics(Annual review of Neuroscience '04のpreprint)をやりたいんだということなんだと思う*1。Premotorの扱いに関しては新参者なところが少なからずあったのではないかと邪推する。もちろんそれでもKurata '02を故意に無視しているのは間違いない。蔵田先生の論文は02/12/1に出版されていて、Schwartzのは03/7/9にsubmitされている。
追記:いや、ナイーブ過ぎるな、これ(「Premotorの扱いに関しては新参者」)。Retractしときます。


*1:ところでneural prostheticsは重要だしバブルだと思う。Nicolelis以降、もうNatureはただのタスク中のsingle-unitというのはもはや取らないんではないか、という危惧もある。

私信

引用、問題ないですよ。リンクを貼らないでもらってるのもあくまで厚意に甘えさせていただいているだけで、誰かがリンクしても文句を言うつもりはないです。
逆にこっちの2/21のほうはちょっと突っ込みすぎたかもと気にしてます(書きすぎないように気をつけて直してはみたのだけれど)。このへんを議論するのがいちばん面白いとは思うんだけれど、言い過ぎてたら言ってください。といいつつもガヤが挙げたArieliだけでなく、Nicolelisを読んでいたというあたりもたぶんヒントだろうなあ。
ちなみに私は私が何をやってるかはわからないように書いているつもり。興味の中心はまるわかりだろうとは思うけど。

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# ガヤ

いえいえ全く問題ないです。「まだ書けない」のは秘密という意味ではなくて、まだ解析すらできていないということなのです。でも、ここら辺の話題は本当にもっとでかく展開したいところですね。今日もいろいろとアルゴリズムの勉強していました。何がベストがわかりませんわ。だからこそこんなにも色々なアルゴリズムが世の中に溢れているのでしょうね。

# pooneil

了解。またぜひそのへんの話をしましょう。もう少し勉強してきますよ。


2004年02月22日

ついでに、NatureやScienceに載ること

が科学的にどのくらい重要かという問題にはいろいろ言うべきことはあるが一つだけ。この問題はショートペーパーでどのくらいきっちりした論文が書けるかという問題も含まれる。NatureやScienceはどうしてもインパクトはあるが方法論的詳細が欠けててぜんぜん信用できない、なんてことになりがちだ(私の分野では)。
これに対する過去の人々の対処法は関連するfull paper(私の分野ではJNSやJNP)を書くことだった。前に言及したNewsomeのNature三つはどれも出版後にJNSでほぼおんなじネタを書いている。他にもたくさんある。さすがにここ近年はこういうのは少なくなってきたのだが、それでも最近でも2/19に挙げたSommers and WurtzとかBarashのJNPとかはこのカテゴリーに含まれる。新規性がまったくないんだったら許されるべきではない。データに厚みを加えること自体は科学にとって良いことではあるけれど、その厚みの分がどのくらい新規性をどのくらいあるかという問題。*1
最近はNatureもScienceもsupporting materialを付けることでデータの信頼性を挙げようとしているわけだけれど、それで最近のNature、Scienceは変になってると思うことがある。1/16に挙げたAndrew SchwartzのScienceなんてほとんどのmethodがsupporting materialに回っていて、本文だけではどういうタスクをやってるんだかほとんどわからなくて非常に読みにくい。Schwartzの場合はSOMと別論文*2とを読めばとりあえずわかるようにはなっているのだけれど、他にもいろいろある。(二年前には)Instructionには本文だけで内容が通じるようにすべきと書いてあったはずだけど、と思ってついでに調べてみたらけっこう変わってる!

どちらもsupporting materialについて一ページ使って説明がある。
Natureははじめから別のファイルとしてsubmitするようになってる。Guide to authorには本文にmethodを入れることを指示していて、多かったらpeer-review後に回す、と書いているが。
ScienceがSOAにすべきところを明示して最後尾につけるように、と明示したのはよいことだと思う。
というわけで「本文だけで内容が通じるようにすべき」と書いてあるところはざっと見ただけでは見つからなかった。マジっすか。
なんか脱線してるっぽいが、ショートペーパー集であるということがNatureやScienceが本質的に抱えている問題の一つであって、システムニューサイエンスのように完璧な結論というものがほとんどありえない分野においては詳細が書けないということがかなり足枷になっていると思う。というわけでこの話は「論文誌のブランド志向」という問題とはまったく別の話。


*1:ところでこれは程度を変えればみんな苦労していることだと思う。タスク変えたって、方法論変えたって、前に言ってたことと本質的に変わらんじゃん、という批判から逃れた論文を書くことは本当に難しいことだ。そういう論文こそがNatureやScienceになってほしいと思うし、私もそういうのを書きたい。私は重箱の隅などつつきたくない。いや、究極にはすべて程度の違いの話なんだけど。
*2:これがまたまったく同じタスクでScience論文の方法論的押さえとして働いている。

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# pooneil

追記。この問題はまた、システムニューロサイエンスの方法論がどんどん複雑化していることの反映なのだろう。そのこと自体がこの分野が円熟した、または袋小路に入ってきた、ということの徴とも言えるかもしれない。革命的な論文はあっさり短くてreferenceも少ない、というのを夢想するなあ。

# Gould

JNPもろくに読めない僕としては、pooneilさんとガヤさんの日記はバイブルのようなものです。できる事なら弟子になりたい・・・

# pooneil

2/21日記見ましたけど、NatureでもJNPでも書ききれてないものを読まなければいけないという意味では(程度の差はあれ)同じなんだと思います。その意味では読むのはどれも難しいというわけで。結局前報とかをさらって著者のストーリーとコンテクストを見つけていかないとわからない意味はいろいろあるなあと思います。きりないし全部付き合う必要なんてないけど。(2/23日記へ続く)


2004年02月21日

「ガヤの日記」の2/20

「ガヤの日記」の2/20にうちの2/20のコメント欄についての応答あり。サンクス。そこからわざわざ探して見にきてくれた人がもしいたらサンクス。ちなみに2/20の私のコメントはまるでガヤが[spontaを調べたら情報がわかる]と言っているのに反論しているように見えることに気付いた。べつにそんなことは言ってない。
で、ガヤ日記にあるように、時間的な繰り返しの構造(モチーフ)でspontaが作られているかもしれない、ということは、神経ネットワークのとる構造は実はそんなになくて(自由度は予想されるより少なくて)、そのいくつかの可能な構造のあいだを自発状態で遷移しているということなのかもしれない*1。ガヤがreferしたArieliの論文はそのような遷移しながらできる空間パターンが自発のときと刺激応答のときとで同じであることを示していた……
脳のネットワークの機能構造を調べる研究と入力出力のあいだでの情報変換を調べる研究とが合体するところまではもう近いと思う。たぶん究極は「行動する人間のすべての神経細胞の活動をモニターする」ということだと思うけど、そこまで行かなくてもすべきことはいくらでもある。
ところでそれでも意識と神経活動をつなぐのには問題があるかもしれない、といういわゆる「ハードプロブレム」のことをずっと考えているわけなんだけど(また話をややこしくする)。ここで「オートポイエーシスには入力も出力もない」とはいったいどういうことかを思い出してみる。


*1:これはたぶんCossartのNatureからのimplicationでもあるが「時間的繰り返し」というのがさらに重要なところ。


2004年02月20日

Nature '03

"Attractor dynamics of network UP states in the neocortex."
RAFAEL YUSTE @ Columbia University。
をそのうち紹介しようと思っていたらYuste研に留学中のガヤの論文がScienceのarticleにacceptされたそうだ(「ガヤの日記」の2/19参照)。おめでとう! そのうち読んでここで紹介するつもり。でも数理的にかなりいろいろやってるようなのではたして私に理解できるかどうか。

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# ガヤ

サンクスです。あ、この論文では数理的なことは簡単なものばかりですよ。私のモンテカルロにクレームが付いたのでごまかすのに苦労しましたが。。。

# pooneil

消しといたよ。

# ガヤ

どうもです。これからEメしますのでお待ちを。

# pooneil

お待ちしております。そのあいだについでに書いたものを以下に。

# pooneil

ところで2/18にコメントすると、spontaを調べてわかるのは「情報」ではなくて「構造」ではないだろうか? もちろんspontaの中には情報がcontextや記憶として織り込まれているわけではあるのだけれど、それは外部から入力を入れたり出力としての行動を見なければ情報としては取り出せない。だからspontaで見られるパターンはそのような情報をコードするのを支える構造と言ったほうがよいのではないだろうか。System identificationのアナロジーから考えることにすると、[input-output関係によって認知のblackboxがどういう情報処理をしているかを推定すること]と[black boxの状態推移のルール(これは情報だろうか?)を明らかにしようとすること]との違いなのではないだろうか。この話は前にしたencodingとdecodingの話でもあるし、簡単にかつ大げさに言えば認知主義の問題とも言えるのかもしれない。もちろん、両方が必要であることは言うまでもなく。


2004年02月19日


2004年02月18日

Nature Neuroscience

"Random presentation enables subjects to adapt to two opposing forces on the hand."
川人先生 @ ATR。
これがどう多重内部モデル説につながるかはシンポジウムで聞きにいって学ぼうっと。

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# antares

いいえ、私は。ご存知のとおり、大ボスは行くようです。こちらは技官さんが充実してるので、やることがなさ過ぎて物足りないです。

# pooneil

おお、失礼しました。antaresはそちらでしたね。勘違いしてました、別の人と。メールの返事も出さぬまま済みません。また何か突っ込み入れてみてください。そちらの大ボスの論文でも読んどこうかな。

# antares

お久しぶりです。すごい充実なHPですね。楽しく読ませていただきました。この論文が多重内部モデル説とどうつながるのかは私も知りたいです。BizziのForce fieldとtaskは似ていますが。。。ちょっとしたことで、全然違うストラテジーになっちゃったりしますしね(私は理解不十分なので)。また教えてください。

# pooneil

コメントありがとうございます。お久しぶりです。なるほど、”BizziのForce field”がキーワードですね。ところでシンポジウムはいらっしゃいますか?


2004年02月17日

Nature Neuroscience

"First spikes in ensembles of human tactile afferents code complex spatial fingertip events."
Johansson @ Umeå University。
humanのtactile afferentからの記録で別々のafferent inputがどういう順番でやってくるか(burstの一発目がやってくる順番)という情報を使って触覚がコードされている、というもの。
こういう基礎的な回路に関する研究は中枢で研究しようとするとなかなか難しいので、末梢での研究にアドバンテージがある。同様なアドバンテージを使ってpresynaptic inhibitionが運動時に感覚入力をシャットアウトするために使われていることを示したのがNature Neuroscience '03 "Sensory input to primate spinal cord is presynaptically inhibited during voluntary movement."だ。
んで、今回の論文のN & VをBarry Richmondがやっている。"Recruitment order: a powerful neural ensemble code." Richmondは前にlatencyの違いによる情報のコードの可能性というやつを示していたし(Gawneがfirst authorのやつ)、JNS '03でorder statisticsというやつを使っていて("Decoding Spike Trains Instant by Instant Using Order Statistics and the Mixture-of-Poissons Model.")、たぶんこれと関係があるんだろう。読まなくちゃ、ああわからない。
Richmondがコーディングに関してやっていることは報酬に関してやっていることよりも好き。


2004年02月16日

Journal of Neuroscience Methods

"The dynamics of spatial behavior: how can robust smoothing techniques help?"
Neri Kafkafi @ University of Maryland。
前報は
Journal of Neuroscience Methods '01 "Natural segmentation of the locomotor behavior of drug-induced rats in a photobeam cage."
ラットやマウスの足跡を記録して、その分布にsmoothingをかけていったいどこに片寄っているか、とかそういうことを研究するためのmethodology paper。カーネル密度推定とかではなくて、ノンパラでlocalにadaptiveな方法(LOWESS)を使用している。役に立つかも。
ところでspike列にガウシアンカーネルをかけてSDF (spike density function)を作るというのはようするに、一次元でのカーネル密度推定をやっているということであって、本当はスパイク列のISIの分散にもとづいて最も誤差推定が小さくなるようなカーネルを選ぶというのが筋だ。そこを経験的に最適化したのが論文でよくみるsigma=10msという値なのだと思う。
しかしたいがいはspikeのburstを見たいわけで、ISIはgaussianな分散をしているわけではないのだから、localにadaptiveにやるほうが本当はよいのだろう。とくにlatencyを見たいときとかは。Latencyの計算自体もいろいろポイントがありすぎるし、結局このへんをややこしくはせずに単にコントロール期間の2SDにするのが得策というわけだ。なこたぁわかってる(自分でツッこむと人がツッこめないのでヤメレ)。


2004年02月15日

Science

"Anterior Cingulate Conflict Monitoring and Adjustments in Control."
Jonathan D. Cohen @ Princeton and Cameron S. Carter @ UC Davis (それぞれ元はPittsburghか?)。
Human fMRIでAnterior CingulateでConflict Monitoringなんだけれど、いままでに

とかを出している。このへんとの差分がどのくらいあるかだろう。アブストを読むかぎりだと、ACCでConflict Monitoringしてからそれによって行動をAdjustためにDLPFCが活動している、ということのよう。Science '00ではDLPFCは"cognitive control"と言っているので、それと比べてどのくらい違うのだろうか。


2004年02月14日

Nature

"Brain asymmetry and long-term memory."
よくわからんが、symmetricであること以外に何が違っているかの問題だと思う。Symmetricalである -> Assymmetricalなやつと比べて何かが欠損してるかまたは過剰になっている -> それのせいで長期記憶の能力が落ちている、という話をNature向けに面白そうに書いただけではないの? いつもながら読んでないので、どなたか読んだ人コメントお願いします。

Nature publishingの検索ページ

Nature publishingの検索ページって使い勝手が腐りすぎてないか?

  • 検索結果見てから検索ページに戻ったら検索しようとした項目が完全にリセットされてやんの。戻って検索項目をmodifyするなんて誰でもしそうなことなのに。
  • 検索ページで検索する雑誌にチェックを入れないといけない。デフォルトでは何にもチェックが入ってない。Nature Neuroscienceから検索ページに飛んだんだからNature Neuroscienceを検索するに決まってるだろうが。
後者はJNPはちゃんとJNPだけにチェック入っているし、Cerebral cortexはいきなりOxford pressの雑誌を検索しようとしたりしないぞ。
しかもURL見るとちゃんとcgiにNature Neuroscienceから来たって情報が入ってるのに。


2004年02月13日

Goldman-Rakic DA特集

となってるな。
Science "Selective D2 Receptor Actions on the Functional Circuitry of Working Memory."
JNS "Enhancement of Working Memory in Aged Monkeys by a Sensitizing Regimen of Dopamine D1 Receptor Stimulation."
PNAS "Division of labor among distinct subtypes of inhibitory neurons in a cortical microcircuit of working memory."
Patricia S. Goldman-Rakic追悼。
持続的な発火というのは視覚連合野だろうか頭頂連合野だろうが見られるわけで、そこで前頭前野でworking memoryという議論をする意義がどのくらいあるのかいまだに私はわからない。DAがどのくらいprefrontalにspecificであるかも。誰かコメントしてください。

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# mmmm

「持続的な発火」だけが重要なんじゃなくて、特定の内容保持に一致する「持続的な発火」のon/offがPFCで制御されているという仮説として私は理解してます。DAの投射はDLPFCにはあんまり強くないようですよね。DAがWMにどれほど重要かというのは私も疑問に思ってます。リンクされてる論文はまだ読んでませんけど。

# pooneil

コメントありがとうございます。「特定の内容保持に一致する」はたとえば「行動の目的にrelevantな情報だけを保持する」というような感じでしょうか。それは確かにそうでしょうね。私にはそれを「PFCが制御している」というよりは「連合野でretainされている情報がPFCでフィルターされている」という感じに見てます。同じっちゃあ同じですが、これはたぶん私が知覚系にバイアスがかかっていて、ボトムアップ的な目で見てしまうからかもしれません。なんにしろ最終的にはちゃんとちゃんとBaddeleyとか読まないといけないんでしょう。心理学かイメージングやってる人の参加も期待したいところ。


2004年02月12日

信号検出理論

Yonelinasの論文でさかんにreferしていたDetection theory : a user's guide by Neil A. Macmillan and C. Douglas Creelman (1991)を取り寄せていたのだが、きょう届く。無事間に合った。なるほどこれは便利そう。
昨日書いたLATER modelとSDTの話は、LATER modelでのdecision signalの分散とSDTでROC curveを書くときのnoiseまたはnoise+signalの分散とを同一視してよいかという問題になるのかも。

空間統計

的な解析が必要だったんで、Brian Ripleyが精力的に関与しているR言語について前からちょこちょこ調べているんだけれど、これはググりにくくて不便。しょうがないので"R language"とかで検索してる。新しく言語を作る人はネットで検索しやすいようなネーミングにすることを一つの条件にすると良いのではないだろうか。その意味でCとかC++とかは厳しいしが、PerlやSQLはよい。短くてしかも一般名詞と混同しないし(RubyやJavaは一般名詞が混ざってしまう)。いや、べつにNOT(-)で弾けばよいって?そりゃそうだけど。
と、きっと誰かがすでに言っているに違いないことをいまさらヌルく書いてみる。ていうかきっとどっかで読んだテキストの受け売りなんだろう。もうわかんないんだけれど。これがいわゆる「はてなの人は大昔に済んだ議論を蒸し返す」というやつなんだきっと(お疲れぎみ)。

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# nanashi

私もRに興味を持っているものです。neuroscienceの論文(実験系)でRを使ったものを見たことがないのですが、pooneilさんは何かご存知でしょうか?

# pooneil

はじめまして。私も見たことないです。論文でmethodに書くときは、S言語のクローンということでSの単行本(たとえば”Statistical Models in S”あたり)を引用しておくか、method自体の本(たとえばGeneralized additive modelsを使用するならHastie and Tibshiraniの単行本)を引用することになると思います。なお、ご存知かもしれませんが、RjpWikiに生態学や海洋学の論文に使った日本人の例が載ってます。http://www.okada.jp.org/RWiki/index.php?R%A4%F2%BB%C8%A4%C3%A4%BF%B3%D8%BD%D1%CF%C0%CA%B8 外人が著者のリストも探せばありそうな気がします。見つけたら教えてください。

# nanashi

コメントありがとうございます。R自体の本としては見たことはありませんが、Introductory Statistics With Rという本が出ているようです。(http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/0387954759/ref=sr_aps_eb_/250-7009203-9280261)本も出ているし、pooneilさんのおっしゃるようにほかの分野では使われているようなのでneuroscienceでもそろそろ使われるかもしれませんね。』

# pooneil

情報どうもありがとうございます。ところでRを使うべきか他を使うべきか、というのはどう思います? 私自身は前はSASのプロシージャを使うかまたはMATLABで書いたものを使ってました。SASでできることはSASでやったほうが良いと思います。いまの私の環境はSASがなくてSPSSだけしかなくて、spatial statisticsやgeneralized additive modelsとかをやるのにはRは必要かなと思ってます。新しいこと憶えないといけないので困りものです。

# nanashi

Rを使うべきか否かは私も迷っております。Rに関する教科書が出ていて、なおかつ同分野(neuroscience)でRが使用され始めたら、私も使用したいと思っています。それまではRを使ったばっかりにケチをつけられるのではとちょっと怖い気もします。Rは守備範囲も広いし、オープンソースということでソースの検証も可能(だと思いますが違うかもしれません。)だし、なにより無料だしと非常な強力なツールだと思います。

# pooneil

なるほど、論文に直で書かれる情報なので、基本的にはコンサバティブに行くべきと私も思います。


2004年02月11日

2/8へ反応

2/8へ反応があった。いやあ、あれかけて仕事ってそれは無理でしょう。私はBGMかけて仕事することができない性質のようで(昔は違ったと思うけど)、車での往復ぐらいしか音楽が聞けなくなり、あまり新規開拓できてない状態。

昨日のはようするに

Signal detection theoryとdecisionに関するLATER modelを繋げられないか、というようなことを考えているというわけ。


2004年02月10日

信号検出理論

ではROC curveを書くために同一の刺激条件において判断基準を操作する(シグナルとノイズの二つの正規分布の横軸を変える、ということ)。このための方法には

  1. 刺激の呈示確率や利得条件を変える
  2. 確信度評定(各試行ごとに判断にどのくらい確信があるか答えさせる)をさせて違った確信度ごとにデータを並べなおす
という二つがある。前者はブロック単位で条件を変えなければならないのでいろんな条件の統制が難しいが*1、後者は同一のブロックでそれぞれの確信度のデータを得られるのでよりきれいなデータが(おそらく一般的には)取れる。どっちにしろ、刺激条件がまったく同じにしてあるというところがミソだ。
たまに見るのだが、刺激にいろんな程度のノイズを加えてデータを取ってROC curveを書くのはこの意味では間違ってないだろうか?*2 刺激条件が変わっているわけだし。たとえばNewsomeが使うrandom dot kinematogramでROCカーブを書くのは間違っていないだろうか?
逆に、確信度評定にはverbal reportが必要だから人でしか使われてこなかったけれど、response latencyを確信度と捉えなおせば*3、動物でも確信度評定を用いてROC curveを書いたことにならないだろうか? そういうことを誰もしないのは端的に間違っているからだろうか? 心理学者の方、ご教授願います。


*1:この意味でPlatt & GlimcherのNatureのタスクはブロック単位になっているところに問題があり、本当はもっと生に近いデータがないと信用ならない。
*2:こういうのが心理学にあるかどうかわからないが、神経科学ではたまに見る。
*3:早ければ早いほど確信度が高いとする。Binに切らずに連続的にROC curveを書けるという劇的なadvantageもある。


2004年02月09日

一年前の今ごろは

深夜に隅田川を渡りながらヘッドフォンステレオで耳が痛くなるほど大きい音で音楽を聴いていたのを思い出す。隅田川でバラバラ死体が出た、とかでビビりながら渡っていたっけか。そのころ聞いてたのはAsian Dub Foundation "Rafi's Revenge" "Communitiy music"、Mansun "Six"、Sebadoh "Bakesale"、ブンブンサテライツ "Out loud"、BUDDHA BRAND "病める無限のブッダの世界"、BT "ESCM"、くるり "TEAM ROCK"、Frank Zappa "200 motels"、Ride "Going blank again"まですべて、Cornershop "Born for the 7th Time"、Eastern Youth "雲射抜ケ声"、bluetones "Expecting to Fly" 、Massive Attack "Mezzanine"、Grapevine "覚醒" "退屈の花" "Lifetime"、MBV "Loveless"、Manic street preachers "This is my truth tell me yours"、Soft Machine "Vol.1" "Vol.2" "Third"、Supercar "Futurama"、バッファロー・ドーター "ニュー・ロック"、フィッシュマンズ "CORDUROY’S MOOD" "LONG SEASON"、Jefferson Airplane "After bathing at Baxters'"、Traffic 初期三部作と"John Barleycorn Must Die"、King Crimson "Red" "Larks' Tongues in Aspic"、THe Byrds "5th dimension"、Chapterhouse "Whirlpool" 、Velvet Underground "White Light/White Heat"、TODD RUNDGREN "Something / Anything" "Wizard a True Star"、XTC "English Settlement"、チボ・マット "ステレオタイプ A"、The Beach Boys "Pet Sounds" "Smiley Smile"、PINK FLOYD "Piper at Gates of Dawn"、KINKS "Village Green Preservation Societyとかだった。列挙したかっただけ。

というわけで

土曜日に書いたテキストを貼った。ふたたびもやは日記ではなくなってる……


2004年02月08日

宿酔

明け方三回吐いた。酒弱くなってしまった。
昨日は苺ババロアを自作し、熱く語り、なかなか良い酒だったのだが、一転、家庭崩壊の危機っす。

Led Zeppelin

Remasters。やっぱりAchilles Last Standいいなあ。久しぶりに聞いてみるとけっこう雑な感じだし後半散漫になってる感じもするが、そこが自棄で切ない感じに聞こえるようになってきた。(自棄な感じ、というのは最近の私の琴線だ。) ネットでタブ譜を探してイントロのギターを弾いてみた。十年ぶりとかかも。/Em9 /F#m(add b6) /だそうな。重ねないとそれらしくならないのだけれど。ここしばらくは家へ帰るまでの五分を回り道して(一曲10分)車でこれ一曲だけ大音量で聞いてる。二車線の道路とかでとなりに車が並ばれると気まずいので狭い道を選びつつ。
Whole lotta loveがたった五分半しかないことに気付いてびっくり。もっと長いかと思ってた。


2004年02月07日

JNPつづき

"Comparison of Memory- and Visually Guided Saccades Using Event-Related fMRI."
この論文の結果(2/5のところを参照)をsingle-unit recordingの結果と比較してみるのは面白いことであろう。Visually-guidedでdistractorとして出てきた刺激とmemory-guidedでcueとして出てきた刺激との間ではdistractorのほうが頭頂連合野やFEFでより強い反応をしているのだ(activationのあるvoxelは小さいけれど)。まったく同じ条件のものはないけれど(とくにreceptive fieldの概念を考慮しなければ意味がないのだが)似たことを扱っているsingle-unitでのLIPニューロンからの記録の論文にGoldbergのJNP '00 "Response of Neurons in the Lateral Intraparietal Area to a Distractor Flashed During the Delay Period of a Memory-Guided Saccade."やGlimcherのJNP '97 "Responses of Intraparietal Neurons to Saccadic Targets and Visual Distractors."がある。
Goldbergのはmemory-guidedのdelay中にdistractorが出るというものだが、targetと同じ位置に出るdistractorよりも違う位置に出るdistractorの反応のほうが大きい。あんまり関係ないがとにかくtask-irrelevantでもattentionをかけているところ以外にabruptに現れると反応は大きい。
Glimcherのほうは二つのpotential targetが提示されてからあとでcueによってどちらがtargetでどちらがdistractorかが決まる。当然potential targetが提示された時の応答は同じわけだが、cueによってどっちがtargetか決まると、tagetに大きい反応をして、distractorへの応答は抑制される。
というわけで答えは出ないのだが、刺激のabruptさ(Goldberg)という意味では今回の論文ではcueとdistractorでの反応は同じと予測できるが、goal-relatedであるかどうか(Glimcher)という意味ではcueのほうが反応が大きくなってしかるべきと思える。


2004年02月06日

JNPつづき

"Comparison of Memory- and Visually Guided Saccades Using Event-Related fMRI."
で、もう少し読んでみた。ブロックデザインでmemory-guidedとvisually guidedをやらせてそのコントラストを見ると、いろんなところでmemoey-guidedでのほうがactivationが高い。これはmemory-guidedでのcue、delay、saccadeの成分を全部足し合わせているからなので、続いてevent-relatedにしてcue、delay、saccadeのそれぞれの成分ごとにmemory-guidedとvisually guidedの比較をしている。このため、visually-guidedのタスクではmemory-guidedのcueの代わりにsaccade targetとは無関係な刺激(distractor)を出して二つのタスクでの条件の違いをなるたけ少なくしようとしている*1。しかしそれでもsaccadeをするときにtargetがあるかないかの違いは当然残る。この意味ではたいして工夫のない実験デザインであると言える。


*1:これが昨日書いた謎な、刺激への応答のコントラストだった。


2004年02月05日

JNP

"Comparison of Memory- and Visually Guided Saccades Using Event-Related fMRI."
GoodaleとEverling @ University of Western Ontario。
Humanのvisually-guided saccade (標的にサッケードする)とmemory-guided saccade (標的の出た位置を思い出してサッケードする)とでの脳活動部位をfMRIで調べたペーパー。前にはblockデザインでPETをやったものがあるが、fMRIで論文になったのはこれが最初らしい(SFN abstractが一つ引用されている)。Event-relatedでやっている。
で、かつてのPETスタディではPEF(nearly equals LIP)、FEF、SEFの活動はmemory-guidedのときのほうが高かった。今回の論文ではvisual responseに関してはfrontal(FEF含む)とparietal(right rost. IPS)では刺激(cueとtargetの比較?)による反応はvisually-guidedでやや高く、サッケード時の反応はright rost. IPSではmemory-guidedのとき高かった。


2004年02月04日

Cerebral Cortex

"Neural Responses during Interception of Real and Apparent Circularly Moving Stimuli in Motor Cortex and Area 7a."
Georgopoulos @ University of Minnesota。
Georgopoulosはかつて運動ベクトルの方向をM1ニューロンがベクトルの和としてpopulation codingしているのを提唱して、これが一時は支配的な説となっていた("Neuronal population coding of movement direction." Science '86)。現在はこれにはたしかいろいろ異論が出ている。たとえば12/16に言及したStephen ScottNature '01 "Dissociation between hand motion and population vectors from neural activity in motor cortex"で反証を出している。
で、この論文はこの話とは直では多分まったく関係ないはずなのだが、特記事項としては円を描いて動く軌道についての反応をM1と7aから記録していることだ。読んでないんで目的はわからないけれど、この軌道とそれに対するreaction timeを計測するのはtime perceptionについて扱おうとしているのではないだろうか。前にも言及したSiriguの論文とかでparietal系の障害によって時計の針の動きを報告する課題に障害が出る。これとの関係があるのではないだろうか、とreferenceを見ると関係なさそう……めげずに……time perception解明への応用が可能になるのではないでしょうか。


2004年02月03日

Trends in Cognitive Sciences

"Tools for the body (schema)."
Angelo Maravita(心理学者)と入来先生(生理学者)@医科歯科。
'96 Neuroreportでのtool useによる受容野の拡張から、body schemaとの関連についてのレビュー。フォローしきれていないがいろいろ進んでいる様子。

Trends in Cognitive Sciences

"Does the huamn mnid raed wrods as a wlohe?"
Grainger @ CNRS。
とりあえずこれが"Does the human mind read words as a whole?"と読めてしまうのが面白いってことで。


2004年02月01日

オセロ

を五歳の息子とやった。むきになって完全勝利したら泣かせてしまった。その感覚よくわかるのにやってしまった。抱きしめて謝った。いくつか技を教えた。


お勧めエントリ

  • 細胞外電極はなにを見ているか(1) 20080727 (2) リニューアル版 20081107
  • 総説 長期記憶の脳内メカニズム 20100909
  • 駒場講義2013 「意識の科学的研究 - 盲視を起点に」20130626
  • 駒場講義2012レジメ 意識と注意の脳内メカニズム(1) 注意 20121010 (2) 意識 20121011
  • 視覚、注意、言語で3*2の背側、腹側経路説 20140119
  • 脳科学辞典の項目書いた 「盲視」 20130407
  • 脳科学辞典の項目書いた 「気づき」 20130228
  • 脳科学辞典の項目書いた 「サリエンシー」 20121224
  • 脳科学辞典の項目書いた 「マイクロサッケード」 20121227
  • 盲視でおこる「なにかあるかんじ」 20110126
  • DKL色空間についてまとめ 20090113
  • 科学基礎論学会 秋の研究例会 ワークショップ「意識の神経科学と神経現象学」レジメ 20131102
  • ギャラガー&ザハヴィ『現象学的な心』合評会レジメ 20130628
  • Marrのrepresentationとprocessをベイトソン流に解釈する (1) 20100317 (2) 20100317
  • 半側空間無視と同名半盲とは区別できるか?(1) 20080220 (2) 半側空間無視の原因部位は? 20080221
  • MarrのVisionの最初と最後だけを読む 20071213

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