pooneilの脳科学論文コメント

■ ランダムシャッフル関連

これまでpseudorandom sequenceが必要なときにはMATLABでrandpermを使っていたのだけれど、現在使用中の行動制御プログラム(C言語ライクでショボめな言語を持っている)でpseudorandom sequenceを作る必要が出てきたので探してたら、ちょうど結城氏のサイトでそのネタが扱われてました。

もとの話はたとえば1,2,3,,,,,9,10というsequenceがあったときにこれをかき混ぜてシャッフルしてやるときのアルゴリズムの問題です。わたしの場合はたとえば、条件Aと条件Bとがpseudorandomに混ざっているようにしたい、たとえば、n=10trialのブロックで8回条件Aが出て(p=0.8)、2回条件Bが出るようにして、その出現パターンには法則性がないようにしたい、というわけです。ですので、たとえば1,2,3,,,,,9,10の数列をシャッフルして作った数列のうち、1-8を条件Aに割り振って、9-10を条件Bに割り振ってやればいいわけです。

ということで、まずは結城氏のサイトにあった正しい例と良くない例とをMATLABで試しに作って確認してみました。

loopno=1000000;
data=1:10;
lengthdata=length(data);

%--正しくない例-----------------
randdata=zeros(loopno,lengthdata);randdata(:)=NaN;

tic;
for j=1:loopno

outdata=data;

for i=1:lengthdata

	% generate random number from [1 lengthdata]
	r=unidrnd(lengthdata);

	% swap outdata(i) with outdata(r)
	temp=outdata(i);
	outdata(i)=outdata(r);
	outdata(r)=temp;

end

randdata(j,:)=outdata;

end
toc;

histdata=zeros(lengthdata,lengthdata);histdata(:)=NaN;
for i=1:lengthdata
	histdata(i,:)=hist(randdata(:,i),data);
end

%--正しい例-----------------
randdata2=zeros(loopno,lengthdata);randdata(:)=NaN;

tic;
for j=1:loopno

outdata=data;

for i=1:lengthdata-1

	% generate random number from [i+1 lengthdata]
	r=i-1+unidrnd(lengthdata-i+1);

	% swap outdata(i) with outdata(r)
	temp=outdata(i);
	outdata(i)=outdata(r);
	outdata(r)=temp;

end

randdata2(j,:)=outdata;

end
toc;

histdata2=zeros(lengthdata,lengthdata);histdata2(:)=NaN;
for i=1:lengthdata
	histdata2(i,:)=hist(randdata2(:,i),data);
end

%--カラー表示でまとめ-----------------
mag1=min(histdata(:));
mag2=max(histdata(:));
cellmean=sum(histdata(:))/length(histdata(:));

figure
subplot(2,1,1)
imagesc(histdata, [mag1 mag2])
axis square
subplot(2,1,2)
imagesc(histdata2,[mag1 mag2])
axis square

■ "Make:"いいですね、とかつれづれ。

4/16 さいきんはArduinoとかprocessingとかPTAMとか // openCVとかARToolkitとかなんかそういうのが気になってる。

4/16 これイイ！ http://tinyurl.com/c4rj7g // PTAMとArduino組み合わせて現実世界のLEDの色を // GUIで点灯させたり、コピペしたり。// これと脳科学をつなげたい、って思ってる人が世界に何人もいるはず。// 俺もそう。脳の「リアル」を知るためのBMI。// 俺は「現実」には住んでいない。// つねに５年くらい先に住んでいて、// (とりけし。)

さいきんはオライリーの本ばかり読んでる。"MAKE:"いいですね。オタク趣味を脱臭してオサレ系にしたgeekのための雑誌にしてある。マッドサイエンティストもモンド的味付けがなされているし。

でもって、岡崎図書館行ってみたら誰も借りてないの。悔しいからNo.6までおよび"making things talk"まで全部借りて順番に読んでる。Chu-Moyヘッドホンアンプとかエフェクタの自作とか、そういったわたしが興味持ってるけど出来てないものがたくさん載ってる。これは素晴らしい。"MAKE"がちゃんと売れて続いてくれたらいいなと思ってます。

iPhoneとか出る前の話だけど、Ittiラボの人が携帯のカメラでオンラインでsaliency map計算させてるのを見せてくれたことがある。じつは、わたしのやってることとけっこう近いんですよ。

Palm Preのプレス発表も良かったですね。あのくらいキビキビ動いてくれると楽しい。でもどちらかというと、こういう競争が激しくなることによってiPhoneが進化してくれることをこそ期待していたりして。

LEDでレバータスクだったらTEMPOなんかいらないんであって、マイコンで作れるじゃん、とか思ってた。プログラミングとか面倒そうだから敬遠してたんだけど、Arduino使ってセンサ買ってprocessingでプログラミングすればトータル5000円で組めるじゃん。LEDでレバータスク。だれかやって。一般公開あたりこれで遊ぼうよ。

あーなんか気楽に書きすぎたな。俺床屋談義って嫌いなんですけどね(どの口でそれを言うか)。

(前回のエントリの追記部分が長くなったので独立させました。)

■ Twitterに脳内がだだ漏れる20090416

2/18 Sekai Cameraの発表時には興奮したけど、ほんとうに動くのか疑わしかった // 今回ので、ある程度狭い領域では稼働することがわかった。// ほんとうに稼働するんだったら、ぜったいに面白い！// ということでフォローしておく。

2/19 「恥ずかしいこと思い出すとなぜか独り言が・・・」// あー、みんなやってたんだ。// 自分だけじゃないんだ。// ちなみにわたしの場合は、//「あー、うんこうんこうんこうんこうんこうんこうんこ」// とうんこ連発してます。

2/23 これなんだけど、// http://tinyurl.com/alldfc //これは研究されていることなんでしょうか。// 文字抜けもあるけど、// 構文のレベルですよね。// みんな面白がってるけど、// aphasia関連ではないのですか？// だれかくわしい人いないの?

2/23 Amazonで見たすごいいいレビュー：// http://tinyurl.com/d8qcnr

2/25 iPhone キャンペーン キター!!! // CREST報告会で大阪に行ったときにスパボ一括で、とか考えていたけど // 全部すっ飛んだ!!! // つーかこれは新機種発売フラグ // また買えなくなった(<-ダメぢゃん)

3/10 今日ネットで見て気に入ったフレーズ //「現在の、微妙にマジックリアリズム気取りの胡散臭いポジションが一番いいよ。」// これは「デンデラ」読まなくては。

3/18 「うちの開成高校では」まで読んだ // そっちよか今日はiPhoneコピペキターのほうだな。// 決めた、今度こそ買う(まだ買ってないのかよー)

3/21 さらに暗くなるまで長男とキャッチボール。// ボールを受けるときに一歩前に出る習慣ができていて、感心する。

3/26 LEGO MINDSTORMS NXTが欲しいと思ってたけど、// LEGO Education WeDoっつーのが出てくるね。// こっちを息子に買ってやるのがいいかも。// でも元の発表では1月発売のはずだったのに、7月になってるみたいだし。

■ フリーのConference management system / Abstract management system

以前、生理研のCOE国際シンポジウムの準備をしていたときに、webベースでabstract submissionとかを受け付けるためのConference Management Softwareについて調べてリスト化してエントリを作成したことがあるのですが(20050412)、結局そのときはソフト自体は使わずにメールベースで処理することになりました。

あれから５年が経って、国際シンポジウムのオーガナイザーをするにあたって、このへんが使えるかどうか調べてみることにしました。学会だったらScholarOneとかOASIS (Coe-Truman Technologies)とかをサポート込みで買えばいいんでしょうけど、そんなふうにお金はかけられません。フリー版を探してみることにします。

要は今わたしがブログで使っているmovable typeみたいなCMSソフト(webサーバーにインストールして、phpでmySQLとかのデータベースをいじくる)さえあれば同じようなことはできるわけです。いまどきだったらajaxとかでUIが良くなっていたりとかするんじゃん?とか。グループの管理が必要だから、XOOPSとかPloneとかのほうがよいでしょう。でもって、会議、ワークショップ用のモジュールとかを探せばいいのかもしれません。ちょっと調べたかぎりはすぐわからなかったのだけれど。

そこで、もしかしたらConference management system / Abstract management systemに特化したフリーのCMSソフトをというのがあるんではないかと思って調べてみたらいくつかありました。以下にリストを。

• Open Conference Systems (OCS)
  ライセンス：GNU General Public License v2
  特徴：British Columbia大学も関わっているPKPが作成
  
• IAPR COMMENCE Conference Management System
  ライセンス：Mozilla Public License 1.1 (MPL 1.1)
  特徴：国際パターン認識連盟 (IAPR)が関わってる。コードはsourceforgeにあり
  
• CDS Indico
  ライセンス：GPLライセンス
  特徴：CERN(欧州原子核研究機構)が関わってる
  
• OpenConf Community Edition
  ライセンス：専用のライセンスがwebページにあり
  特徴：商用ソフトのサブセット
  
• ConfTool standard version
  ライセンス：参加者150人以下、non-commercial conference、などのしばりあり
  特徴：商用ソフトのサブセット
  
• e-Conf online Free
  ライセンス：参加者120人以下、英語サイトのみ、などのしばりあり
  特徴：商用ソフトのサブセット
  
• Continue 2.0
  ライセンス：不明。入手には作者への連絡が必要
  特徴：AJAX-based
  
• ConfSys
  ライセンス：不明。入手には作者への連絡が必要
  特徴：サイトに行くとweb認証でエラーが出る
  
• EasyChair
  ライセンス：サーバへのインストールをしない
  特徴：インストール済みのWebサーバーを借りて使う
  

みんな英語なんですよね。そうでなければだれか別の方に頼む方が良いのですが。(そういう意味では、たとえ有料でサポート付きのものを使ったとしても、それに対応できる人がいない限りけっきょく動かせないわけです。)

ともあれ、リストの頭の三つあたりが開発が継続していて良さそうです。Webサイトのドキュメントの充実度とかから考えて、"Open Conference Systems"をローカルにインストールして試してみることにします。

"Open Conference Systems"に関しては、日本語のwebサイトではsourceforge.jpでとりあげられてました：「オープンアクセスとオープンソースを融合させたPublic Knowledge Project」それから「国際会議開催を支援するFLOSS」

つーかだれかこういうのくわしい人が日本語ローカリゼーションとかやって信用を得てから、webベースで保守サービスをすれば小遣い稼ぎが出来るんじゃないんですかね。

お勧めエントリ

• 細胞外電極はなにを見ているか(1) 20080727 (2) リニューアル版 20081107
• 総説 長期記憶の脳内メカニズム 20100909
• 駒場講義2013 「意識の科学的研究 - 盲視を起点に」20130626
• 駒場講義2012レジメ 意識と注意の脳内メカニズム(1) 注意 20121010 (2) 意識 20121011
• 視覚、注意、言語で3*2の背側、腹側経路説 20140119
• 脳科学辞典の項目書いた 「盲視」 20130407
• 脳科学辞典の項目書いた 「気づき」 20130228
• 脳科学辞典の項目書いた 「サリエンシー」 20121224
• 脳科学辞典の項目書いた 「マイクロサッケード」 20121227
• 盲視でおこる「なにかあるかんじ」 20110126
• DKL色空間についてまとめ 20090113
• 科学基礎論学会 秋の研究例会 ワークショップ「意識の神経科学と神経現象学」レジメ 20131102
• ギャラガー＆ザハヴィ『現象学的な心』合評会レジメ 20130628
• Marrのrepresentationとprocessをベイトソン流に解釈する (1) 20100317 (2) 20100317
• 半側空間無視と同名半盲とは区別できるか？(1) 20080220 (2) 半側空間無視の原因部位は？ 20080221
• MarrのVisionの最初と最後だけを読む 20071213

月別過去ログ

[2024]

2|

1|

[2023]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2022]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2021]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2020]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2019]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2018]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2017]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2016]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2015]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2014]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2013]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2012]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2011]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2010]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2009]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2008]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2007]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2006]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2005]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2004]

12|

11|

10|

9|

8|

7|

6|

5|

4|

3|

2|

1|

[2003]

12|

11|

8|

7|

[2001]

10|

8|

6|

5|

4|

2|

[2000]

12|

9|

8|

7|

6|

3|

2|

1|

[1999]

9|

8|

7|