[月別過去ログ] 2005年09月
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■ PubMed RSS Feed役に立った
更新してみたら、PubMed RSS FeedにProgress in Brain Researchの論文が並んでた。というわけでProgress in Brain Researchのサイトに飛んでみたら、 Progress in Brain Research vol 150が"The Boundaries of Consciousness: Neurobiology and Neuropathology"という特集であることを知りました。というわけですこし役に立ちました。- / ツイートする
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■ 博士と研究所
子どもとポ_ケモンを見てて思ったのだけれど、あんなに「博士」と「研究所」って言葉が出てくる番組ってほかにないよな、と。おかげで、前はパパの行っているところは「かいしゃ」ということにしてたのだけれど、さいきんは「けんくーじょ」ということで通じるようになりました。
ついでだけど、わたしの持っているHard disk型ポータブル音楽プレーヤーのiRiver(iPodぢゃないよ!)のことを子どもになんと呼んでもらえばいいかわからなくて、「あの音楽の入ってる箱」とか呼ばれていたのだけれど、さいきんはiPodが有名になったので、「iPodみたいなやつ」で通じるようになりました(オーノー)。(orzとかは意地でも使わないのであった)
2005年09月27日
■ Smallest Enclosing Ellipse
ある複数の点を包含するような最小の面積を持つ楕円を決定するにはどうすればよいかと調べたことがあったんですが、けっきょく"Smallest Enclosing Ellipse"というのがキーワードなのだということにやっとたどり着いたのでした。んでそのときのブックマークを見つけたので、リスト作成しときます。
2005年09月26日
■ 今週のFaculty of 1000
二つほどメモ。
J Neurophysiol 94: 1623-1635, 2005 "Phase-Response Curves Give the Responses of Neurons to Transient Inputs"
BioEssays Volume 27, Issue 10 , Pages 1060 - 1068, 14 Sep 2005 Revisiting "scale-free networks" Evelyn Fox Keller
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2005年09月25日
■ 通知領域が消えた、けど直った
図1
使っているラップトップPC(ThinkPad X31、Windows XP SP2)の通知領域(図1)がなんかの拍子でなぜか見えなくなってしまって、時計しか使えなくなってしまいました(図2みたいなかんじ)。
図2
んで、やっと解決。こちらのサイト：角谷HTML化計画 2004-01-28(Wed) X40を再起動すると、Windows XPのタスクバーの「クイック起動」が時どき消える問題についてでのコメント部分を見ていて、Taskbar Repair Tool Plus!というのを発見しました。これでNotification Areaの"Hide or Show All Listed Icons"を使って復帰。やれやれ。私自身は何の保証も与えられませんが、同様なことでお困りの方は試してみる価値があるかもしれません。
2005年09月19日
■ 「本日のPubMed RSS feed」付けてみました
PubMedがRSS feedを出すようになってますね。検索の結果を"Send to"から"RSS Feed"を選択してやって、"Create Feed"を押してやると、その検索の結果の最新版を見るためのRSS FeedのXMLファイルのurlが出力されます。RSSリーダを使ってる人はそれで読んでやればいいわけです。
Movable Typeはプラグインを使ってRSS feedを読み込むことが出来ます。そこで、エントリの一番上に本日のPubMed RSS feedというのを作って、再構築するたびに更新されるようにしました。(cronを使って自動更新するというのは以前に失敗したので今回はやってません。) たまに検索キーワード変えたりしたらおもしろいかもしれないけど、ま、とりあえずテストということでやってみます。あと、アンテナ使ってる人が混乱しないように、新しいエントリを書いたときだけこのRSS feedも更新する予定。(追記：でも、いまのままだとエントリ更新するたびにRSS feedも更新されて、RSS feedの方がhtmlファイルの中では上の方にあるので、はてなアンテナで表示を「シンプル」にしている人にはRSS feedの方しか見えなくて不便かも。ソース上では更新エントリの方が上に来るようにしたいけど、それはまたの機会に。)
どんなふうにimplementされてるか：ほんとうはFeeds.Appを使うと良さそうなのですが複雑で扱いにくそうなので、よりシンプルなGetXMLを使用しました。GetXML.plをプラグインのフォルダに入れて、index.htmlのテンプレートに以下のコードを追加。
<MTGetXML location="http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/erss.cgi" rss_guid="0XZeiMI1_Dil4pkz70GAfj7ORTWgMjk13GfVSNAE3rV"> <MTGetXMLElement name="channel"> <ul> <MTGetXMLElement name="item"> <li><a href="<$MTGetXMLValue name="link"$>"> <$MTGetXMLValue name="title"></a> <$MTGetXMLValue name="category"> </li> </MTGetXMLElement> </ul> </MTGetXMLElement> </MTGetXML>
rss_guid=のところは検索キーワードなどによって適宜変える、という感じです。
しかし、XMLファイルを読んでみると、せっかくのページやら発行年の情報が取れなくて、全部"description"のなかに入っている、というもったいないやり方をしていることがわかります。authorも複数あるときは"authors"の下に一人一人のauthorを入れるようにとかすればよいのに、分けることができないし。とか細かい話はよいとして。 追記：勘違いでした。PubMedが提供しているのはあくまでRSSなので、itemのなかにtitle, link, descripptionがある、というのはRSSで決められた形式でした。私が言ったようなことはXMLとしてDTDとかを作ったうえでの話で、方向性が違うのでした。
2005年09月18日
■ 中秋の名月
ベランダの布団を取り込もうとしたら満月だったので、娘を呼んでいっしょに月を見ました。たまたま昨日もいっしょに見たもんだから、娘が「昨日よりももっと丸いね」と言ったので、「明日になってもっと丸かったらどうする？」と聞いてみました。さすがによくわからなかったようなので、「明日になって月が四角だったらどうする？」と聞いたらすかさず話に乗ってきて、「じゃあ、明日になって月が三角だったらどうする？」とか「月がピカチューになってたらどうする？」とか応酬。んであとで今日が中秋の名月だったことを知ったという、そんな日でした。2005年09月17日
■ Speed-accuracy tradeoff
ごぶさたしてます。なんか不調。
一般的に言って、急げばやることはいい加減になるし、正確にやろうと思ったら仕事は遅くなるわけです。このようにspeedとaccuracyにはトレードオフの関係があるので、心理物理学的な研究における課題の効果を評価するためには正答率だけでなく応答潜時も見てやる必要があります。たとえば、マスキングなり、注意課題のprecueなりが正答率に影響を及ぼしたと主張するときには、正答率が上がった分反応潜時が遅くなってないか、検証しておく必要があります。というわけで、このへん読まなくては。PubMedで検索したのを羅列しときます。
Vision Research Volume 35, Issue 20 , October 1995, Pages 2825-2843 Investigating simple and complex mechanisms in texture segregation using the speed-accuracy tradeoff method
Biological Psychology Volume 51, Issues 2-3 , January 2000, Pages 173-199 Mechanisms of speed–accuracy tradeoff: evidence from covert motor processes
Psychonomic Bulletin & Review, Volume 11, Number 2, 1 April 2004, pp. 353-361(9) One process is not enough! A speed–accuracy tradeoff study of recognition memory
Experimental Brain Research Volume 158, Number 4, October 2004, p415 - 42 Validity of the speed-accuracy tradeoff for prehension movements
NeuroImage Volume 22, Issue 4 , August 2004, Pages 1775-1783 Feedforward and feedback processes in motor control
Vision Research Volume 39, Issue 11 , June 1999, Pages 1943-1962 A comparison of the dynamics of simple (Fourier) and complex (non-Fourier) mechanisms in texture segregation
Vision Research Volume 44, Issue 12 , June 2004, Pages 1351-1365 Temporal performance fields: visual and attentional factors Marisa Carrasco
PNAS | April 24, 2001 | vol. 98 | no. 9 | 5363-5367 Covert attention accelerates the rate of visual information processing Marisa Carrasco
TheScientificWorldJOURNAL 2005/5 p128-146 Speed-Accuracy Tradeoff Operator Characteristics of Endogenous and Exogenous Covert Orienting of Attention
また、おそらくきっちり考えればこの話題は、リーチング課題での軌道の速度がベル型になるのは終止点の分散を最小にしようとしているからだ、というWolpertの説(北澤先生のNetScience Interview Mailとか参照)とかともつながるのではないでしょうか。
2005年09月13日
■ サイケマニア度レベル、だれか作って！
ごぶさたしてます。休暇取ってました。以下だらだらと。
すでに前の話となりますが、THE スーパーリスナークラブ張本 プログレマニア度レベル これおもしろかったです。ちなみにわたしはレベル8まで。いちおう戻ってこれるあたり、らしい。
レベル1はキング・クリムゾンのRedの時とピンク・フロイドのシド・バレット在籍時はいまでも聴く。ほかもひととおり聴いたけど、イエスやELPのようなクラシカルな要素を自分が求めていないことを発見。レベル2、3のムーディー・ブルースとかキャメルとかあたりを経て、キャラバンを発見。おおげさだけど優しい曲調、というのが好きなのですな。ここからカンタベリ系(レベル5)に大はまり。フレッド・フリスやジョン・ゾーンあたり(レベル13)に興味を持つが挫折。レベル4は完全にスルー。平行してザッパ(レベル6、はプログレではないけど)はfirstから70年代後半あたりまで。んでジャーマン(レベル8: カン、タンジェリンドリーム、アモンデュールI,II、ファウスト)までたどり着いたあたりで探求心が途絶えて、イタリアン(レベル9)まではたどり着かず。
なんかこう、後戻りできなくなるかんじ、というのがよくわかって、おもしろいのですな。んでもって、これのサイケデリックロックバージョンも作れるんではないでしょうか。だれか作って！
と言ってもだれも作ってくれるわけではないので、自分が聴いたことあるサイケをすこしカテゴリ分け(レベル分けは恐れ多くてできない)。とりあえず80年代以降のネオサイケは除外してます。
- 有名なシングル曲: さいきんCMで使われているドノバンの「サンシャイン・スーパーマン」やゾンビーズの「ふたりのシーズン」、それからドアーズの「ハートに火を付けて」、ジェファーソン・エアプレインの「あなただけを」、ストロベリー・アラーム・クロックの「インセンス・アンド・ペパーミンツ」とか。
- ビートルズ後期: というかストロベリーフィールズ・フォーエバーとトゥモロー・ネバー・ノウズ
- USのメジャーもの: ドアーズ、ヴァニラファッジ、アイアンバタフライ、バーズ
- UKのメジャーもの: ピンクフロイド1st、ドノバン、エレクトリックプルーンズ、ゾンビーズ
- USの正統派: グレートフルデッド、ジェファーソンエアプレーン、ラブ
- UKの正統派: シドバレットのソロ、ソフトマシーン初期、トラフィック初期
- USのちょいマイナー: クイックシルバー・メッセンジャーサービス、カントリージョー・アンド・ザフィッシュ、The west coast pop art experimental band
- UKのちょいマイナー: Tomorrow、 カレイドスコープ
- ジャーマンサイケ: ファウスト、タンジェリンドリーム、アモンデュールI,II
- テキサスサイケ: 13thフロアーエレベーター
- ガレージサイケ: シーズ、ベブルズとかのコンピレーション
- メジャーなアシッドフォーク: ティム・バックレー、Tyrannosaurus Rex
- ジャパニーズ: 裸のラリーズ、灰野敬ニ
- (これより先を私は知りません): ヨーロッパ、南米、マイナーなアシッドフォーク
なんての作ってwebを漁っていたら、強烈なサイトを発見: PsychedelicRock 通信。すごい。というわけで、上で挙げたのは「基本」であって、じっさい、現在ほとんどが日本版で手に入ります。というわけで刺激されたので、久々にこのへんを開発しようと、まだ聴いてなかった有名盤を手に入れに栄、大須へ行ってきました。
そしたら、ぜんぜんレコード屋がない！ レコードマップとか見てもどれもハウスだったりヒップホップだったりで方向性が違うし。バナナレコードにもサイケがない。ということでけっきょく上前津のサウンド ベイ リパブリック上前津店まで行って、以下の3枚買ってきました。
Pretty thingsの"S.F. Sorrow" ザ・フーの「トミー」よりもキンクスの「アーサー」よりも先に作られた、(しかし埋もれた)ロックオペラとしても有名。けっこうR&B風味で、粘っこい。
Silver Applesの"Silver Apples/Contact" ぶっといサイン波と手数の多いドラムの上に意外とポップな歌が乗ってる。
Gandalfの"Gandalf" オールディーズのカバーなんだけどリバーブのかけ方でヤバイ音に様変わり。ジャケットのイメージよりはふつう。
これがわたしの休暇でした。
2005年09月08日
■ nonhumanで信号検出理論(SDT)
nonhumanでSDTってどのくらいあるだろうか？ こないだのEichenbaumのratでrecognition memory taskでSDTというのはあったけど。あ、ちなみにニューロンの反応をROC解析するというやつ(Schallとかがやるやつ)は単なるノンパラの解析の代替物であり、SDTではありません。nAFCの成績をd'にするだけ、というやつもほとんどSDTを使っているとは言えません(以下に混ざってるけど)。いや、もちろん、古典的なthresholdの概念から脱するということだけで充分価値があるわけですが。Criteria(=bias)をふってempirical ROCカーブを書くようなやつがどのくらいあるか、ということを私は知りたいのです。そういえば、これなんて
PNAS | April 24, 2001 | vol. 98 | no. 9 | 5359-5362
Rhesus monkeys know when they remember
Robert R. Hampton
Confidence ratingをしているといえるんではないでしょうか。ともあれ以下羅列。
Uncertain responses by humans and Rhesus monkeys (Macaca mulatta) in a psychophysical same-different task.
by Shields, Wendy E.; Smith, J. David; Washburn, David A.
from Journal of Experimental Psychology: General. 1997 Jun Vol 126(2) 147-164
Behavioural Processes
Volume 64, Issue 1 , 29 August 2003, Pages 121-129
Signal detection behavior in humans and rats: a comparison with matched tasks
Brain Res. 1974 Nov 29;81(1):119-32.
Signal detection analysis of stimulus discrimination in normal and split-brain monkeys.
Kulics AT, Carlson KR, Werner G.
J Acoust Soc Am. 1999 Mar;105(3):1784-800.
A signal detection analysis of auditory-frequency discrimination in the rat.
Talwar SK, Gerstein GL.
Percept Psychophys. 1997 Jul;59(5):774-82.
A signal detection theory analysis of gap detection in the rat.
Leitner DS, Carmody DP, Girten EM.
The Journal of Neurophysiology Vol. 83 No. 5 May 2000, pp. 2639-2648
Discrimination of Line Orientation in Humans and Monkeys
Pablo Vazquez, Monica Cano, and Carlos Acuna
Nature 431, 188-191 (9 September 2004)
Recollection-like memory retrieval in rats is dependent on the hippocampus
Norbert J. Fortin, Sean P. Wright and Howard Eichenbaum
Volume 26, Issue 1 , April 2000, Pages 273-278
Sensing without Touching: Psychophysical Performance Based on Cortical Microstimulation
Detection thresholds for intensity increments in a single harmonic of synthetic Japanese macaque ( Macaca fuscata) monkey coo calls.
by Le Prell, Colleen; Moody, David B.
from Journal of Comparative Psychology. 2002 Sep Vol 116(3) 253-262
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2005年09月06日
■ Labor Day三者三様
しげ日記 9/5
Gardener's diary@Yale 9/5
Ryohei’s neuroscience notes 9/5
2005年09月05日
■ Implicit perception and signal detection theory
Nature Reviews Neuroscience 6, 247-255 (2005); doi:10.1038/nrn1630 "IMAGING IMPLICIT PERCEPTION: PROMISE AND PITFALLS" Deborah E. Hannula, Daniel J. Simons and Neal J. Cohen
Awarenessがないにもかかわらず、知覚情報処理ができている、というimplicit perceptionにはmasking刺激を使ったものなどいろいろありますが、imagingのstudyなどでは被験者にawarenessを報告させる(提示した刺激が見えたかどうか)ことでawarenessの程度を評価することがしばしばあります。しかし被験者によるverbal reportに頼るこの方法は被験者が「見えた」と判断するバイアスが大いに関わってきて適切ではありません。これがタイトルの'pitfall'というやつ。そこで心理物理学者はどうするかというと、信号検出理論を使ってこのようなバイアスを取り除いた感度(d')をimplicit条件とexplicit条件とで比較してやるわけです。
つまり、explicit条件でd'=0であるにもかかわらず、implicit条件でd'>0であること、これがimplicit perceptionのよりobjectiveなcriteriaである、というわけです。
しかしこのようなアプローチはまだcontroversialで、たとえば以下のような議論があります。
Perception & Psychophysics, Volume 61, Number 5, 1999, pp. 986-992 "A signal detection theory analysis of an unconscious perception effect"(pdf; open access)(*) STEVEN J. HAASE, JOHN THEIOS AND RICK JENISON
を受けて書かれたこの論文
Perception & Psychophysics, Volume 66, Number 5, 1 July 2004, pp. 846-867(22) "Unconscious perception: A model-based approach to method and evidence" Michael Snodgrass; Edward Bernat; Howard Shevrin
とそれに対するコメンタリおよびその返答：
Perception & Psychophysics, Volume 66, Number 5, 1 July 2004, pp. 868-871(4) "Valid distinctions between conscious and unconscious perception?" Steven J. Haase; Gary D. Fisk
Perception & Psychophysics, Volume 66, Number 5, 1 July 2004, pp. 872-881(10) "Unconscious perception: The need for a paradigm shift" Daniel Holender; Katia Duscherer
Perception & Psychophysics, Volume 66, Number 5, 1 July 2004, pp. 882-887(6) "Unconscious perception and the classic dissociation paradigm: A new angle?" Eyal M. Reingold
Perception & Psychophysics, Volume 66, Number 5, 1 July 2004, pp. 888-895(8) "Unconscious perception at the objective detection threshold exists" Michael Snodgrass; Edward Bernat; Howard Shevrin
それから、同じようなメンバーでConscious and Cognitionを舞台にしたもの：
Conscious Cogn. 2004 Mar;13(1):73-91. "Subliminal perception and its cognates: theory, indeterminacy, and time." Erdelyi MH.
Conscious Cogn. 2004 Mar;13(1):92-100. "Availability, accessibility, and subliminal perception." Kihlstrom JF.
Conscious Cogn. 2004 Mar;13(1):101-6. "Inaptitude of the signal detection theory, useful vexation from the microgenetic view, and inevitability of neurobiological signatures in understanding perceptual (un)awareness." Bachmann T.
Conscious Cogn. 2004 Mar;13(1):107-16. "The dissociation paradigm and its discontents: how can unconscious perception or memory be inferred?" Snodgrass M.
Conscious Cogn. 2004 Mar;13(1):117-22. "Unconscious perception: assumptions and interpretive difficulties." Reingold EM.
Consciousness and Cognition Volume 13, Issue 2 , June 2004, Pages 430-433 "Comments on commentaries: Kihlstrom, Bachmann, Reingold, and Snodgrass" Erdelyi MH.
Conscious Cogn. 2004 Sep;13(3):613-8. "Subliminality, consciousness, and temporal shifts in awareness: implications within and beyond the laboratory." Bornstein RF.
また、これらに関連して
Consciousness and Cognition Volume 10, Issue 3 , September 2001, Pages 294-340 "Confidence and Accuracy of Near-Threshold Discrimination Responses" Craig Kunimoto, Jeff Miller and Harold Pashler
Am J Psychol. 2002 Winter;115(4):545-79. "Disambiguating conscious and unconscious influences: do exclusion paradigms demonstrate unconscious perception?" Snodgrass M.
Am J Psychol. 2005 Summer;118(2):183-212. "Unconscious perception or not? An evaluation of detection and discrimination as indicators of awareness." Fisk GD, Haase SJ.
また、哲学者のNed Blockも
Trends in Cognitive Sciences Volume 9, Issue 2 , February 2005, Pages 46-52 "Two neural correlates of consciousness" Ned Block
でPhenomenal consciousnessとAccess consciousnessとの分離する試みに信号検出理論を使う例として
Journal of Experimental Psychology: Learning, Memory, & Cognition. 1994 Mar Vol 20(2) 304-317 Unconscious perception: Attention, awareness, and control. Debner, James A.; Jacoby, Larry L.
でのexclusion paradigmを挙げたり(これは上記Nature Reviews Neuroscience論文でもreferされてます)、Lammeの
Nature Neuroscience 4, 304 - 310 (2001) "Two distinct modes of sensory processing observed in monkey primary visual cortex (V1)"
を説明してたりします。
(*) いつも忘れるんだけれど、Perception & Psychophysicsは現在2002年までfreeでfull textにアクセスできます。2001-現在へのリンク、それから、1991-2000年のtextの検索ページ。
2005年09月01日
■ スキナー。あとデネットとか。
というわけで松代以来ぜんぜん新しいエントリを書いてないのですが、さいきんはスキナーとか読んで行動分析学を学んだり、信号検出理論あたりのこと勉強したり、といろいろやってます。
ところで、心は実験できるか―20世紀心理学実験物語 ローレン・スレイター
via 05.8 K.Moriyama's diary(8/27)
がスキナーについて書いているらしいですね。
んでもって、NewSphere経由で見つけた、スキナーの娘Deborah Skinner BuzanによるGuardianの記事。"I was not a lab rat"。センセーショナルなので内容の説明はしないでおきます。
さらにそれを受けてのThe new york timesの記事。
また、amazon.comでのeditorial reviewにはNew England Journal of Medicine, September 2, 2004からの記事があり。
というわけでいろいろ騒動があるようす。
なお、スキナーの娘が入っていた"aircrib"の写真はネットだとここで見つかります：認知行動科学（‘０２）。もちろん、これはスキナー・ボックスではありません。
また、スキナーの自由意志の議論あたり(" Beyond Freedom and Dignity")はちょうどさいきん翻訳の出たデネットの「自由は進化する」と併せて読んでみる価値がありそうです。調べてみたところ、じっさい、デネットはスキナーに言及しており、Dennett, "Skinner Skinned," in Dennett, Brainstorms, Cambridge: MIT Press, 1978などがある様子です。
Web上で探しても、
BEHAVIORISM: SKINNER AND DENNETT
Dennett Indented? A commentary on Daniel Dennett's "Skinner Skinned".
Dennett and the Darwinizing of Free Will By David P. Barash ("Freedom Evolves"の書評)
AGAINST BEHAVIORISM DANIEL DENNETT SKINNER SKINNED (1978) IN: PROBLEMS IN MIND, CHAP. 6(googleのキャッシュ)
などが見つかってきます。
また、6/22にも言及しましたが、理研の松元さんによるこの記事からもいろいろたどっていけます。神経研の渡辺正孝先生の仕事についても指摘あり。(松代の班会議でも渡辺正孝先生は行動分析学的な枠組みでのおもしろい計画を提唱してました。)
また、松元さん自身のScience 03' "Neuronal Correlates of Goal-Based Motor Selection in the Prefrontal Cortex"での、刺激-行動-報酬の組み合わせを変えてprefrontal cortexでのニューロン活動のmodulationを見る、というストラテジー自身がスキナーの三項随伴性(弁別刺激-オペラント行動-強化刺激)の枠組みをもとにしていることがScience出版前に書かれた数理科学の「脳における主体性」で明らかにされています。
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